Pimpinan STAI Ki Ageng Pekalongan
Nur Anafi, M.Pd.I.
Ketua STAI Ki Ageng Pekalongan
M. Nasrullah, M.Pd.
Wakil Ketua I
Ahmad Kamalul Fikri, M.Li.
Wakil Ketua II
Rizqiyana Choliq, M.Pd.
Wakil Ketua III
Pimpinan Program Studi
Irfan Udin, M.M.
Ketua Prodi - Ekonomi Syariah (EKSYA)
Tria Ratnasari, M.Pd.I
Ketua Prodi - Manajemen Pendidikan Islam (MPI)
Pimpinan Lembaga
Arip Dwi Iskandar, M.Hum.
Ketua Lembaga Penjaminan Mutu Pendidikan (LPMP)
