Sekolah Tinggi Agama Islam Ki Ageng Pekalongan, selanjutnya disingkat dengan nama “STAIKAP”, didirikan oleh Yayasan Madrasah Islamiah (YMI) Wonopringo, Kabupaten Pekalongan, yang persetujuan pendiriannya ditetapkan berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam, Nomor: Dj.I/775/2010, tanggal 9 November 2010, bertepatan dengan tanggal 2 Dzul-Hijjah 1431 H. Sebagai sebuah perguruan tinggi Agama Islam yang baru,  memerlukan konsep pendidikan yang jelas, utuh dan komprehensif serta berharap (Insya Allah) agar bisa berdiri dengan kukuh, bisa berjalan dengan baik dan lancar serta menjadi sebuah perguruan tinggi agama Islam sentral-idaman di Kabupaten Pekalongan.

Pemilihan nama “Ki Ageng Pekalongan” memberikan makna dan inspirasi yang sangat berarti  dalam usaha merumuskan konsep pendidikan STAIKAP Pekalongan dan akan memberikan identitas (ciri khas tersendiri). Dalam kehidupan masyarakat Pekalongan (dengan slogan kota “Santri”), nama Ki Ageng Pekalongan adalah sosok tokoh yang terpandang (pengageng) di Wilayah Pekalongan, yang tergolong dekat dengan para  auliya, seperti tergambar dalam pemakaman beliau di kompleks makam Syekh Maulana Maghribi di Wonobodro, Batang, Pekalongan (Wilayah Batang sebelum tahun 1966 termasuk dalam wilayah Kabupaten Pekalongan). Makam beliau berada diatas bukit, seperti halnya makam sebagian para wali dan raja di Jawa.

Para Auliya adalah hamba Allah yang dalam kehidupannya mengedepankan Dzikr, Fikr dan Amal shaleh. Kehadirannya dimuka bumi sebagai pemimpin umat (cagak bumi), mengajak menegakkan yang hak dan menjauhkan kebatilan. Dalam pandangan masyarakat santri, para Auliya merupakan kekasih Allah yang memiliki kehidupan spesifik dengan kepribadian yang mumpuni dan memiliki keunggulan kompetitif. Mereka memiliki kekuatan iman yang tangguh dari buah dzikirnya, mempunyai pengetahuan dan  kedalaman ilmu dari buah ketajaman dan kearifan berfikirnya, serta memiliki kepedulian sosial yang tinggi dengan keikhlasan beramal shalehnya yang atsar, manfaat dan buah amal-pengabdiannya dirasakan bersama oleh masyarakat. Penyelenggaraan kegiatan pendidikan dan proses pembelajaran yang diwariskan kepada pengikutnya semata-mata untuk mendekatkan diri (taqorrub-menguatkan iman) kepada Allah dan untuk memperoleh keluhuran derajat di sisi Allah (ridlo Allah) dengan tidak menyia-nyiakan (tetap peduli) akan makna dan kebutuhan hidup didunia. Sikap tawadhu’, toleransi dan kebersamaan senantiasa dijaga dengan mengembangkan berfikir positif dan berbuat kebajikan diantara sesamanya serta berusaha  meninggalkan sikap-perilaku yang menimbulkan kerusakan/mafsadat.        

Bercermin pada identitas dan keunggulan yang disandang oleh para auliya tersebut, dengan memohon ridlo Allah SWT. STAIKAP Pekalongan bermaksud menjadikan konsep ajaran tentang “Dzikr-Fikr-Amal Shaleh” sebagai mana dikembangkan oleh para  Ulama-Salafusshaleh, sebagai  landasan filosofi dalam menyusun dan merumuskan konsep pendidikan dan keilmuan yang akan dikembangkan, yakni dengan memadukan keselarasan “Iman, Ilmu dan Amal”.

Dengan demikian konsep pendidikan yang akan dikembangkan STAIKAP Pekalongan adalah pola pendidikan dengan rumusan kurikulum dan progam kegiatan yang mampu membangun iklim, “tumbuh dan berkembangnya Iman, Ilmu dan Amal secara terpadu”. Adapun bentuk riil pola pendidikan semacam itu adalah dengan menggabungkan antara tradisi pesantren (ma’had) dan tradisi perguruan tinggi. Pesantren dikenal sebagai wahana penggemblengan, yang berhasil melahirkan pola kehidupan manusia yang mengedepankan dzikr, sedangkan perguruan tinggi dikenal mampu melahirkan  pola kehidupan manusia yang mengedepankan fikr. Selanjutnya dengan dasar kedua kekuatan tersebut melahirkan manusia yang mau dan mampu berbuat, bekerja dan beramal shaleh.